Hepatit B virus kantitasyonunda iki farklı gerçek zamanlı PCR testinin karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan ve ARTHUS QS-RGQ KİT

Biçeroğlu S U; Yazan Sertöz R; Zeytinoğlu A; Altuğlu İ

EN TR

Comparison of two different real time PCR tests for hepatitis B virus quantification: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan AND ARTHUS QS-RGQ KIT

Abstract

Aim: The aim of the study is to compare two real time PCR tests, the Cobas AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV test v.2 (Roche Molecular Systems-USA) and the Arthus HBV QS-RGQ Kit (Qiagen, Germany). Materials and Methods: Eighteen clinical plasma samples and eight QCMD samples were included. Nucleic acid extractions and amplifications were performed according to the manufacturer's instructions. Samples were tested in duplicate for intra-assay evaluation of Arthus HBV Kit and once again in a different run for inter-assay evaluation. The log10 IU/ml values of the results were evaluated with regression analysis. Results: The coefficient of regression analysis for the COBAS TaqMan HBV test v.2 versus the average of the Arthus HBV Kit results was 0.91 (R2=0.91) and the logarithmic difference was 0.08-1.26. The log differences for inter-assay and intra-assay evaluations were 0.07-0.41 and 0.02-0.19 respectively. The coefficient of the regression analysis was 0.99 (R2=0.99) for both inter-assay and intra-assay evaluations. The log differences for the Arthus HBV Kit QCMD results versus expected values were 0.60-0.89 and the coefficient of regression analysis was 0.99 (R2 =0.99). The log differences for inter-assay and intra-assay evaluations with QCMD samples were 0.04-0.1 and 0.01-0.07 respectively. The coefficient of the regression analysis was 0.99 (R2=0.99) with QCMD samples for both inter-assay and intra-assay evaluations. Conclusion: The Arthus HBV Kit produced accurate and reproducible results. The results of the COBAS TaqMan HBV test v.2 and Arthus HBV Kit were comparable. All log differences were within 1 log except for one clinical sample. In spite of comparable results, the use of the same test during patient follow-up is still important.

Keywords

Real time PCR, HBV DNA, quantification, Cobas, Arthus

Hepatit B virus kantitasyonunda iki farklı gerçek zamanlı PCR testinin karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan ve ARTHUS QS-RGQ KİT

Abstract

Amaç: Çalışmamızda Cobas AmpliPrep/COBAS TaqMan HBV test v.2 (Roche Molecular Systems, ABD) ve Arthus HBV QS-RGQ Kit (Qiagen, Almanya) testlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Onsekiz klinik plazma örneği ve sekiz QCMD kalite kontrol örneği çalışmaya dahil edildi. Nükleik asit ekstraksiyonları ve amplifikasyonları firma önerileri doğrultusunda gerçekleştirildi. Arthus HBV QS-RGQ Kit test içi ve testler arası değerlendirmeleri için tüm örnekler aynı çalışmada çift çalışıldı ve başka bir çalışma gününde bir kez daha tekrar edildi. Elde edilen sonuçların log10 değerleri regresyon analizi ile değerlendirildi. Bulgular: COBAS TaqMan HBV test v.2 sonuçları ile Arthus HBV QS-RGQ Kit sonuçlarının ortalamaları ile karşılaştırıldığında logaritmik fark 0.08-1.26 arasında ve regresyon analizinde katsayı 0.91 (R2=0.91) olarak bulundu. Arthus HBV QS-RGQ Kit testler arası ve test içi değerlendirmelerinde logaritmik farklar sırasıyla 0.07-0.41 ve 0.02-0.19; regresyon analizinde katsayı her iki durum için de 0.99 (R2 =0.99) olarak hesaplandı. Arthus HBV QS-RGQ Kit kalite kontrol serumu sonuçları ortalamaları beklenen QCMD sonuçları ile karşılaştırıldığında logaritmik fark 0.60-0.89 arasında ve regresyon analizinde katsayı 0.99 (R2 =0.99) olarak bulundu. Arthus HBV QS-RGQ Kit testler arası ve test içi değerlendirmelerinde logaritmik farklar sırasıyla 0.04-0.1 ve 0.01-0.07; regresyon analizinde katsayı her ikisi için de 0.99 (R2 =0.99) olarak hesaplandı. Sonuç: Çalışmamızda Arthus HBV QS-RGQ Kit ile HBV DNA kantitasyonunda elde edilen klinik ve kalite kontrol sonuçlarının güvenilir ve tekrarlanabilir olduğu; COBAS TaqMan HBV test v.2 ve Arthus HBV QS-RGQ Kit sonuçlarının karşılaştırılabilir olduğu görüldü. Bir hasta örneği hariç bütün logaritmik farklar 1 log değeri altındaydı. Çalışmamızda elde edilen karşılaştırılabilir sonuçlara rağmen klinikte hasta takibinde aynı test kullanımı prensibi önemini korumaktadır.

Keywords

Gerçek zamanlı PCR, kantitasyon, HBV DNA, Cobas, Arthus

Details

Primary Language

Turkish

Subjects

-

Journal Section

-

Authors

Biçeroğlu S U

Yazan Sertöz R

Zeytinoğlu A

Altuğlu İ

Publication Date

December 1, 2012

Submission Date

December 1, 2012

Acceptance Date

-

Published in Issue

Year 2012 Volume: 51 Number: 4

IZ

https://izlik.org/JA44XE24WB

Cite

RIS / Bibtex

APA

U, B. S., R, Y. S., A, Z., & İ, A. (2012). Hepatit B virus kantitasyonunda iki farklı gerçek zamanlı PCR testinin karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan ve ARTHUS QS-RGQ KİT. Ege Tıp Dergisi, 51(4), 233-237. https://izlik.org/JA44XE24WB

AMA

1.U BS, R YS, A Z, İ A. Hepatit B virus kantitasyonunda iki farklı gerçek zamanlı PCR testinin karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan ve ARTHUS QS-RGQ KİT. EJM. 2012;51(4):233-237. https://izlik.org/JA44XE24WB

Chicago

U, Biçeroğlu S, Yazan Sertöz R, Zeytinoğlu A, and Altuğlu İ. 2012. “Hepatit B Virus Kantitasyonunda Iki Farklı Gerçek Zamanlı PCR Testinin Karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep COBAS TaqMan Ve ARTHUS QS-RGQ KİT”. Ege Tıp Dergisi 51 (4): 233-37. https://izlik.org/JA44XE24WB.

EndNote

U BS, R YS, A Z, İ A (December 1, 2012) Hepatit B virus kantitasyonunda iki farklı gerçek zamanlı PCR testinin karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan ve ARTHUS QS-RGQ KİT. Ege Tıp Dergisi 51 4 233–237.

IEEE

[1]B. S. U, Y. S. R, Z. A, and A. İ, “Hepatit B virus kantitasyonunda iki farklı gerçek zamanlı PCR testinin karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan ve ARTHUS QS-RGQ KİT”, EJM, vol. 51, no. 4, pp. 233–237, Dec. 2012, [Online]. Available: https://izlik.org/JA44XE24WB

ISNAD

U, Biçeroğlu S - R, Yazan Sertöz - A, Zeytinoğlu - İ, Altuğlu. “Hepatit B Virus Kantitasyonunda Iki Farklı Gerçek Zamanlı PCR Testinin Karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep COBAS TaqMan Ve ARTHUS QS-RGQ KİT”. Ege Tıp Dergisi 51/4 (December 1, 2012): 233-237. https://izlik.org/JA44XE24WB.

JAMA

1.U BS, R YS, A Z, İ A. Hepatit B virus kantitasyonunda iki farklı gerçek zamanlı PCR testinin karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan ve ARTHUS QS-RGQ KİT. EJM. 2012;51:233–237.

MLA

U, Biçeroğlu S, et al. “Hepatit B Virus Kantitasyonunda Iki Farklı Gerçek Zamanlı PCR Testinin Karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep COBAS TaqMan Ve ARTHUS QS-RGQ KİT”. Ege Tıp Dergisi, vol. 51, no. 4, Dec. 2012, pp. 233-7, https://izlik.org/JA44XE24WB.

Vancouver

1.Biçeroğlu S U, Yazan Sertöz R, Zeytinoğlu A, Altuğlu İ. Hepatit B virus kantitasyonunda iki farklı gerçek zamanlı PCR testinin karşılaştırılması: COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan ve ARTHUS QS-RGQ KİT. EJM [Internet]. 2012 Dec. 1;51(4):233-7. Available from: https://izlik.org/JA44XE24WB