Toxoplasma gondii 529 baz çifti büyüklüğünde tekrar bölgesine (RE) özgü hızlı döngü aracılı izotermal amplifikasyon testinin geliştirilmesi ve analitik hassasiyetinin belirlenmesi

Muhammet Karakavuk; Hüseyin Can; Tuğba Karakavuk; Ceren Gül; Sedef Erkunt; Aytül Gül; Aysu Değirmenci Döşkaya; Cemal Ün; Adnan Gürüz; Mert Döşkaya

doi:10.19161/etd.990702

TR EN

Toxoplasma gondii 529 baz çifti büyüklüğünde tekrar bölgesine (RE) özgü hızlı döngü aracılı izotermal amplifikasyon testinin geliştirilmesi ve analitik hassasiyetinin belirlenmesi

Öz

Amaç: Toxoplasma gondii insan ve sıcakkanlı hayvanlarda hastalıklara neden olan bir protozoondur. Bu çalışmanın amacı toksoplazmozis tanısı için T. gondii tekrar bölgesine (RE) özgü primerlerin tasarlanması ile geliştirilen floresans esaslı hızlı Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) testinin analitik hassasiyetini belirlemektir. Gereç ve Yöntem: Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile elde edilen T. gondii RE, pCR2.1-TOPO vektörüne klonlanmıştır. Spesifik primerler kullanılarak geliştirilen LAMP testinin analitik hassasiyeti pCR2.1-RE vektörünün seri seyreltmeleri ile belirlenmiştir. Bulgular: T. gondii RE genine özgü tasarlanan primerler ile geliştirilen LAMP testinin analitik hassasiyetinin ≤10 plazmit/reaksiyon olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: RE bölgesi T. gondii geni içinde 200-300 kere tekrar ettiğinden dolayı geliştirilen testin 0,05 takizoit/reaksiyon saptama limitine sahip olduğu hesaplanmıştır. LAMP testinin kolay, ucuz, hızlı ve saha koşullarına uygun olması ve diğer moleküler testlerden daha hassas olması nedeniyle umut verici olduğu öngörülmektedir

Anahtar Kelimeler

Supporting Institution

Ege Üniversitesi

References

Dubey J., Miller N., J.K F. The Toxoplasma gondii oocyst from cat feces. J Exp Med. 1970; 132 (4): 636–62.
Karakavuk M, Aldemir D, Mercier A, Şahar EA, Can H, Murat JB, et al. Prevalence of toxoplasmosis and genetic characterization of Toxoplasma gondii strains isolated in wild birds of prey and their relation with previously isolated strains from Turkey. PLoS One. 2018; 13 (4): 1–17.
Rajendran C, Su C, Dubey JP. Molecular genotyping of Toxoplasma gondii from Central and South America revealed high diversity within and between populations. Infect Genet Evol. 2012; 12 (2): 359–68.
Velmurugan G V., Dubey JP, Su C. Genotyping studies of Toxoplasma gondii isolates from Africa revealed that the archetypal clonal lineages predominate as in North America and Europe. Vet Parasitol. 2008; 155 (3–4): 314–8.
Harma M, Harma M, Güngen N, Demir N. Toxoplasmosis in pregnant women in Şanlıurfa, Southeastern Anatolia City, Turkey. J Egypt Soc Parasitol. 2004; 34: 519–25.
Holland GN. Ocular toxoplasmosis: A global reassessment. Part I: Epidemiology and course of disease. Am J Ophthalmol. 2003; 136 (6): 973–88.
Elbez-Rubinstein A, Ajzenberg D, Dardé ML, Cohen R, Dumètre A, Yera H, et al. Congenital toxoplasmosis and reinfection during pregnancy: case report, strain characterization, experimental model of reinfection, and review. J Infect Dis. 2009; 199 (2): 280–5.
Fallahi S, Kazemi B, Seyyed tabaei SJ, Bandehpour M, Lasjerdi Z, Taghipour N, et al. Comparison of the RE and B1 gene for detection of Toxoplasma gondii infection in children with cancer. Parasitol Int [Internet]. 2014; 63 (1): 37–41. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.parint.2013.08.005

Yuan Z, Gao S, Liu Q, Xia X, Liu X, Liu B, et al. Toxoplasma gondii antibodies in cancer patients. Cancer Lett. 2007; 254 (1): 71–4.
Remington JS, Thulliez P, Montoya JG. Recent Developments for Diagnosis of Toxoplasmosis. J Clin Microbiol. 2004; 42 (3): 941–5.
Kolören Z, Avşar C, Şekeroǧlu ZA. [Diagnosis of protozoa by loop-mediated isothermal amplification: (LAMP)]. Turkiye Parazitol Derg. 2010; 34 (4): 207–11.
Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, Yonekawa T, Watanabe K, Amino N, et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res [Internet]. 2000; 28 (12): e63.
Nagamine K, Hase T, Notomi T. Accelerated reaction by loop-mediated isothermal amplification using loop primers. Mol Cell Probes. 2002; 16 (3): 223–9.
Edvinsson B, Lappalainen M, Evengård B, Buffalano W, Ferguson D, Guy E, et al. Real-time PCR targeting a 529-bp repeat element for diagnosis of toxoplasmosis. Clin Microbiol Infect. 2006; 12 (2): 131–6.
Homan W., Vercammen M, Braekeleer J De, Verschueren H. Identification of a 200- to 300-fold repetitive 529 bp DNA fragment in Toxoplasma gondii, and its use for diagnostic and quantitative PCR. Int J Parasitol. 2000; 30 (1): 69–75.
Sağlam Metiner P, Can H, Ayyıldız Tamiş D, Karakavuk M, Kımız Geboloğlu I, Gülçe İz S, et al. The use of Toxoplasma gondii tachyzoites produced in HeLa cells adhered to Cytodex 1 microcarriers as antigen in serological assays: an application of microcarrier technology. Cytotechnology. 2019; 71 (1): 91–105.
Can H, Inceboz T, Caner A, Atalay Şahar E, Karakavuk M, Döşkaya M, et al. Kist Örneklerinde Yeni Bir Tek Tüp Multipleks Gerçek Zamanli Polimeraz Zincir Reaksiyonu He Echinococcus granulosus ve Echinococcus multilocularis’ in Saptanmasi. Mikrobiyol Bul. 2016; 50 (2): 266–77.
Döşkaya M, Caner A, Deǧirmenci A, Wengenack NL, Yolasiǧmaz A, Turgay N, et al. Degree and frequency of inhibition in a routine realtime PCR detecting Pneumocystis jirovecii for the diagnosis of Pneumocystis pneumonia in Turkey. J Med Microbiol. 2011; 60 (7): 937–44.
Li Y, Fan P, Zhou S, Zhang L. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): A novel rapid detection platform for pathogens. Microb Pathog [Internet]. 2017; 107: 54–61. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.micpath.2017.03.016
Zhang H, Thekisoe OMM, Aboge GO, Kyan H, Yamagishi J, Inoue N, et al. Toxoplasma gondii: Sensitive and rapid detection of infection by loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method. Exp Parasitol [Internet]. 2009;122(1):47–50. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.exppara.2009.01.012
Sotiriadou I, Karanis P. Evaluation of loop-mediated isothermal amplification for detection of Toxoplasma gondii in water samples and comparative findings by polymerase chain reaction and immunofluorescence test (IFT). Diagn Microbiol Infect Dis [Internet]. 2008; 62:357–65. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2008.07.009
Yang Q, Zhang R, Wu H, Zhang Y, Wang K. Detection of Toxoplasma gondii DNA by loop-mediated isothermal amplification. Chinese J Parasitol Parasit Dis. 2008; 26 (4): 304–6.
Fallahi S, Mazar ZA, Ghasemian M, Haghighi A. Challenging loop-mediated isothermal amplification (LAMP) technique for molecular detection of Toxoplasma gondii. Asian Pac J Trop Med [Internet]. 2015;8(5):366–72. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/S1995-7645 (14) 60345-X
Iwasaki M, Yonekawa T, Otsuka K, Suzuki W, Nagamine K, Hase T, et al. Validation of the loop-mediated isothermal amplification method for single nucleotide polymorphism genotyping with whole blood. Genome Lett. 2003; (2): 119–26

Details

Primary Language

Turkish

Subjects

Health Care Administration

Journal Section

Research Article

Authors

Muhammet Karakavuk ^*
0000-0002-2468-5564
Türkiye

Hüseyin Can
0000-0001-9633-9786
Türkiye

Tuğba Karakavuk
0000-0003-2803-4547
Türkiye

Ceren Gül
0000-0002-2200-5369
Türkiye

Sedef Erkunt
0000-0001-8563-1239
Türkiye

Aytül Gül
0000-0002-0594-5295
Türkiye

Aysu Değirmenci Döşkaya
0000-0003-0363-9099
Türkiye

Cemal Ün
0000-0002-4248-9671
Türkiye

Adnan Gürüz
0000-0001-7920-9429
Türkiye

Mert Döşkaya
0000-0001-6868-008X
Türkiye

Publication Date

September 13, 2021

Submission Date

January 13, 2021

Acceptance Date

March 19, 2021

Published in Issue

Year 1970 Volume: 60 Number: 3

DOI

https://doi.org/10.19161/etd.990702

IZ

https://izlik.org/JA53CK82HH

Cite

RIS / Bibtex

Vancouver

1.Muhammet Karakavuk, Hüseyin Can, Tuğba Karakavuk, Ceren Gül, Sedef Erkunt, Aytül Gül, Aysu Değirmenci Döşkaya, Cemal Ün, Adnan Gürüz, Mert Döşkaya. Toxoplasma gondii 529 baz çifti büyüklüğünde tekrar bölgesine (RE) özgü hızlı döngü aracılı izotermal amplifikasyon testinin geliştirilmesi ve analitik hassasiyetinin belirlenmesi. EJM. 2021 Sep. 1;60(3):269-73. doi:10.19161/etd.990702

Development of toxoplasma gondii 529 base pair size repeat region (RE) specific rapid loop mediated isothermal amplification test and determination of analytical sensitivity

Toxoplasma gondii 529 baz çifti büyüklüğünde tekrar bölgesine (RE) özgü hızlı döngü aracılı izotermal amplifikasyon testinin geliştirilmesi ve analitik hassasiyetinin belirlenmesi

Öz

Anahtar Kelimeler

Development of toxoplasma gondii 529 base pair size repeat region (RE) specific rapid loop mediated isothermal amplification test and determination of analytical sensitivity

Abstract

Keywords

Supporting Institution

References

Details

Primary Language

Subjects

Journal Section

Authors

Publication Date

Submission Date

Acceptance Date

Published in Issue

DOI

IZ

Cite