Amaç: Prostat kanser hücre hattı (DU145) ve prostat normal epitel hücre
hatları (RWPE) arasında anoikis mekanizmasını arttıracak veya inhibe edebilecek
genlerin analizini yapmak ve kanser gelişiminde olası rolünü incelemek.
Gereç ve Yöntem: İnsan prostat epitel
hücre hattı (RWPE) ve prostat kanseri hücre hatları (DU-145) Amerikan Tip
Kültür Koleksiyonu (ATCC)’den temin edildi. Hücre hatlarının çoğaltılmasında ve
sürdürülmesinde RPMI 1640 (Biological
Industries) besi ortamı kullanıldı. Transkriptom analizi için RNA
izolasyonu yapılarak, kütüphane oluşturuldu, kütüphanenin kantitasyonunun
ardından NextSeq500 (illumina) ile sekanslama yapıldı. Dizileme, haritalandırma,
bağıl gen ifadeleri ölçümleri gibi biyoinformatik analizler Genomics Workbench v 8 (Qiagen) yazılımı kullanılarak GRCh38
referans sekansı ile yapılmıştır.
Bulgular: RWPE Normal prostat epitel hücre kültürleri ile DU145 prostat kanser
hücreleri karşılaştırıldığı zaman DU-145 prostat kanser hücre kültürlerinde,
ZNF304, PYCARD ve Notch3 gen expresyonlarında anlamlı bir artış (p<0,05)
görülürken, CXCR4, Pak3, SerpınB1 gen ekspresyonlarında anlamlı bir azalma
(p<0,05) görülmüştür.
Sonuç: DU145 prostat kanseri hücre
hattında anoikis ile ilişkili önemli gen ekpresyonlarında artış ve azalma
gözlemledik. Değişime bağlı olarak hücrelerin anoikisden kaçarak metastatik
özellik kazanabileceğini düşündük.
Aim: To analyze genes that may increase or inhibit the
anoikis mechanism between prostate cancer cell line and prostate normal
epithelial cell line and examine the possible role of cancer in cancer
development.
Materials and Methods: Human prostate epithelial
cell line (RWPE) and prostate cancer cell line (DU145) were acquired from ATCC.
Both cell lines were maintanied in RPMI 1640 (Biological Industries) medium.
Total RNA were isolated and fragmented. Adapters were ligated to prepare RNA
library for whole trasncriptome experiments. Statistics and bioinformatics
analysis including mapping, clustering, sequencing were done by using Genomics
Workbench v 8. (Qiagen) software.
Results: As we compared the normal prostate ephitalial
cells (RWPE) and prosatate cancer cells (DU 145); ZNF304,PYCARD ve NOTCH3 were
significantly (p<0.05) up-regulated in DU145 cells, on the other hand,
CXCR4, PAK3, SERPINB1 genes were significantly down-regulated.
Conclusion: We found that there are
significant differential gene expressions in DU-145 cells which may lead to
metastatic state via evasion of anoikis process.
Birincil Dil | Türkçe |
---|---|
Konular | Sağlık Kurumları Yönetimi |
Bölüm | Araştırma Makaleleri |
Yazarlar | |
Yayımlanma Tarihi | 14 Eylül 2018 |
Gönderilme Tarihi | 16 Temmuz 2017 |
Yayımlandığı Sayı | Yıl 2018Cilt: 57 Sayı: 3 |